Le origini del monastero benedettino femminile di Sant’Agata sono da ricercarsi nel legato testamentario disposto da Erasmo Cicala in favore della figlia Isabella (1612), che lo istituiva nel tenimento di case di proprietà dello stesso Cicala in contrada Campanile Vecchio, corrispondente pressappoco alla posizione attuale.
La vita comune inizia nel 1652 ed il 4 Ottobre di quell’anno si svolgono le prime monacazioni che, per favorire il popolamento del monastero, vengono accettate senza richiedere alcuna dote e fornendo anzi alle monache tutto ciò di cui necessitavano, dagli abiti al cibo.
Nel 1675, con decreto di Papa Clemente X e della Sacra Congregazione dei Riti alle monache di Sant’Agata viene concesso il privilegio di celebrare il patronato del monastero il 17 Giugno di ogni anno, nel giorno in cui Catania ricordava il patrocinio di Sant’Agata in occasione della fine della peste del 1576.
Le monache non badarono a spese per l’edificazione del monastero che fu ingrandito rispetto alla fabbrica originaria, e soprattutto per la chiesa che fu adornata con stucchi dorati, pitture ed un pregevole soffitto ligneo intagliato e dorato.
Questo stato di cose ebbe però vita breve, poichè pochi anni dopo queste fabbriche crollarono per il devastante terremoto che colpì il Val di Noto l’11 Gennaio del 1693 e che della comunità monastica lasciò in vita soltanto 13 monache su 28.
Per volontà del Vescovo Andrea Riggio il monastero di Sant’Agata fu incluso fra quelli che sarebbero stati ricostruiti, ed il 12 Luglio 1694, definito il nuovo lotto, esso fu chiuso da un alto recinto e costruita una prima fabbrica provvisoria per ospitare le monache e allo stesso tempo rimessa in uso quanto restava della vecchia chiesa.
Nel 1736 fu quindi chiamato il più importante architetto allora presente in città, Giovan Battista Vaccarini, per edificare la nuova monumentale chiesa e il monastero, per quanto questo sia stato poi materialmente realizzato dopo la sua morte ma probabilmente su suo progetto.
La vita del monastero proseguì poi fino alla decisiva data del 7 luglio 1866, quando per effetto delle Leggi Siccardi venne tolta personalità giuridica alle comunità religiose maschili e femminili.
A quel tempo il monastero contava 27 monache, più le inservienti e le laiche, che continuarono ad vivere in una parte dell’edificio fino alla morte dell’ultima monaca nel 1929.